一、腐熟的
有機肥本身不會引起作物的肥害，但過量使用或成堆集中施用會跟無機肥一樣引起肥害。
原因
①合格商品化
有機肥含水份很低，過多或成堆集中施用會導致作物根系吸水困難，使作物根系失水萎焉，發生燒根、僵苗、葉片畸形，嚴重時使作物逐漸黃化萎焉，甚至枯死。
②腐殖酸、氨基酸等具有很強離子的交換和吸附能力，過多或成堆集中施用，導致土壤中磷鉀及其它鹽份大量富集，使養份不平衡。同時，由于鹽份富集，接觸根系后加重浸透作用，使根系細胞液浸漏。
③過量或成堆集中施用，土壤中的硝酸根、氯離子等的積累聚集，導致作物硝酸鹽、氯離子超標對根系的毒害。
二、未經堆漚熟、滅菌處理的生糞等有機肥
未經堆漚熟、滅菌處理的生糞等有機肥，施入土壤后重新發酵，產生高溫以及大量有機酸，導致燒根及有機酸對根系的毒害；第二次重新發酵，微生物與作物爭奪氮源，導致作物缺肥、斷肥現象，引起作物生長不良、黃化、僵苗、僵果。
三、劣質有機肥
大量使用劣質有機肥，都容易對作物產生肥害，引起萎焉、黃化、僵苗等生理障礙。如以草碳加入大量無機肥的有機肥，施用后無機肥的燒根；含大量重金屬的城市垃圾有機肥，施用后重金屬對作物根系的毒害；未經調酸的糖廠濾泥的有機肥，施用后引起作物的酸害；未經去雜脫膠的糖蜜的有機肥，植物膠狀物包裹根系阻礙水肥的吸收等。
