1、淋溶損失(淋失) ：肥料養分隨著雨水與灌溉水進入土壤深層或因此從土壤中流失的現象稱為淋失。越砂質的土壤，淋失的情況越容易發生。因此砂土施肥要避開大雨的天氣，或過度灌溉。肥料成分中較易淋失的有硝酸態氮肥（含NO3）和尿素。

2、揮散損失（揮失）：銨態氮肥施于石灰質土壤會產生顯著的銨氣揮失。同樣的情況也會發生在尿素施肥，因為尿素施肥后會先水解成銨態氮。在土壤呈厭氣狀態時（例如土壤浸水、土壤壓實或土壤中新鮮有機質突然大增等狀態），硝酸態氮肥會在微生物的作用下，還原成N2O和N2的氣體狀態逸出土體外，造成氮肥的損失。水田土壤的條件很容易發生脫氮作用，所以應施用H4-N肥，而不能施NO3-N氮肥。

3、沖蝕損失（蝕失）： 下雨容易造成土壤表面沖蝕，特別是坡地、裸露地受大雨沖蝕情況特別嚴重，土壤沖蝕結果不僅將根系吸收養分的表土沖走，也將肥料一起沖走。所以耕作時要盡量避免地表裸露。

4、磷肥被固定： 磷肥施用到土壤中后會和土壤溶液中的游離鐵、鋁、錳、鈣等離子結合成難溶性磷酸鹽，也會被土壤中的鐵、鋁、石灰等礦物質的表面活性成分吸收而變成難溶性的復雜固體，此等之作用稱為土壤的磷酸固定作用。土壤的磷酸固定作用和土壤的酸性程度以及土壤礦物成分有關，土壤pH值6.0以下鐵、鋁、銅、錳鹽類的溶解度增高，其金屬離子的活性也增強，當遇到磷肥的水溶性磷酸根離子時就很快化合成難溶性的磷酸鐵、磷酸鋁、磷酸錳、磷酸鋅、磷酸銅等，而讓作物根系吸收不到磷肥。

5、土壤偏酸性或土壤偏堿性降低必需元素的有效性： 土壤pH值影響到作物營養要素的有效性，例如磷的有效性在pH6.5-7.5最佳，鈣、鎂、鉬的有效性在pH6.5-8.0最佳，鐵、錳、硼、鋅、銅的有效性在pH5.0-6.5最佳。土壤微生物的活性受pH值左右，pH5.0-8.0都能活潑增殖，平均表現以pH6.0-7.0的環境下最佳。土壤微生物在土壤中分解粗大有機質，釋放出作物營養要素并形成腐植質，對土壤肥力提升的貢獻很大。總之，pH6.0-7.0是適合大多數作物生長的土壤酸堿度。

6、土壤缺水： 根系周圍的土壤缺水不僅影響根的活動力，也影響到肥料鹽的溶解，讓作物吃不到肥料。常常由于耕耘方式不恰當，造成水分不易進入根圈土壤，雖然施肥和灌溉的動作都做了，作物還是吃不到肥料，此情形在果園容易發生。